蛋白定量

非靶蛋白定量的典型挑战是周期时间(定义色谱峰分辨率)、选择用于确定肽量的离子的唯一性(选择性)和系统灵敏度(低丰度化合物的定量)。基于ms的方法提供了全面的定量结果，但重叠离子降低了这些工作流程的选择性。基于MS/MS (DIA)的定量在降低灵敏度的代价下提供了优异的选择性。

TIMS-PASEF^®基于标签无定量(PASEF^®-LFQ)结合了这两种方法的优点。TIMS提供了额外的分离维度，大大增加了选择性，而TIMS电池的预浓缩效应提供了更大的灵敏度。的PASEF^®循环时间与狭窄的纳米uhplc峰兼容，而其速度(>100 Hz MS/MS)与传统的DDA方法相比，大大提高了亲本离子选择的可重复性。
在这种情况下，timsTOF Pro独特的4D-MBR方法可以以前所未有的灵敏度克服漏量值问题。

在某些情况下，高度复杂的样品或短梯度分析，100hz MS/MS填充率不足以在大量分析中重复选择相同的离子

在这种情况下，可重复碰撞截面测定(流动性)实现了4d匹配运行(MBR)，最大限度地从无标签量化实验中量化的蛋白质数量，同时为高通量样品分析保持最高水平的置信度。最新的PEAKS和MaxQuant版本支持4D-MBR方法。阅读我们相应的LC-MS154应用说明．

迈向未来:引入dia-PASEF^®
对于数据独立采集(DIA)， DIA - pasef^®利用分子质量和迁移率之间的相关性来瞄准密度最大的肽区。额外的维度导致了更高的选择性，更高的灵敏度和更短的周期时间。有关如何迪亚pasef的更多信息^®突破了4d -蛋白质组学™的极限，阅读我们的LC-MS157应用说明．

MaxQuant数据处理
流行的、功能强大的开源软件MaxQuant完全支持PASEF^®-LFQ数据支持高级量化、可视化和报告。

先进的软件支持
越来越多的高级蛋白质组学处理软件包现在直接读取timsTOF PRO原始数据:这包括Skyline, Gene data，完整的蛋白质度量套件，Mascot Distiller

山峰数据处理
PEAKS Studio由tims数据文件的高性能特征提取提供支持，在基于肽的蛋白质识别、无标签定量和DeNovo测序中获得高质量的结果。多种复杂的可视化和导出功能允许用户回顾、共享或改进多个蛋白质组学分析的结果。

Biognosys数据处理
Biognosys提供全套的下一代蛋白质组学软件产品。bob综合是什么Spectronaut软件旨在分析大规模数据独立采集蛋白质组学实验，完全支持dia-PASEF^®使用基于库和非库处理的数据。PASEF^®Biognosys的SpectroMine软件完全支持数据处理。

timsTOF Pro的独特能力可以在数千次注射中提供持续的性能，结合增强的LFQ性能，使该系统成为高通量临床研究的理想平台。

数据处理是蛋白质定量和PASEF的关键^®-LFQ方法已经被一些最强大的软件套件所支持。