蛋白定量

非靶向蛋白定量的典型挑战是周期时间(定义色谱峰分辨率)，选择离子的唯一性(选择性)和系统灵敏度(低丰度化合物的定量)。基于质谱的方法提供了全面的定量结果，但重叠离子降低了这些工作流程的选择性。基于MS/MS (DIA)的定量方法以降低灵敏度为代价，提供了良好的选择性。

TIMS-PASEF^®基于无标签定量(PASEF^®-LFQ)结合了这两种方法的优点。TIMS提供了一个额外的分离维度，大大增加了选择性，而TIMS细胞的预富集效应提供了更大的灵敏度。的PASEF^®与传统的DDA方法相比，其循环时间与狭窄的纳米uhplc峰兼容，而其速度(>100 Hz MS/MS)大大提高了母离子选择的重现性。
在这种情况下，timsTOF Pro独特的4D-MBR方法能够以前所未有的灵敏度克服缺失值问题。

在某些情况下，高度复杂的样品或短梯度分析，100 Hz MS/MS补充率不足以在大量分析中重复选择相同的离子

在这种情况下，可重复的碰撞截面测定(流动性)使4D-Match Between Runs (MBR)能够最大限度地从标签自由定量实验中定量蛋白质的数量，同时保持高通量样品分析的最高置信水平。最新的PEAKS和MaxQuant版本支持4D-MBR方法。阅读我们的相应的LC-MS154应用注释．

展望未来:引入dia-PASEF^®
对于数据独立采集(DIA)，使用DIA - pasef^®利用分子质量和迁移率之间的相关性来瞄准最密集的肽区。额外的尺寸导致选择性增加，灵敏度增加，循环时间缩短。了解更多关于如何使用dia-PASEF的信息^®4d蛋白质组学™的极限，阅读我们的LC-MS157应用注释．

MaxQuant数据处理
MaxQuant，流行的，强大的，开源软件完全支持PASEF^®lfq数据支持高级定量，可视化和报告。

高级软件支持
越来越多的先进的蛋白质组学处理软件包现在直接读取timsTOF PRO原始数据:这包括Skyline，基因数据，完整的蛋白计量套件，吉祥物蒸馏器

峰值数据处理
PEAKS Studio从tims数据文件中进行高性能特征提取，在基于多肽的蛋白质鉴定、无标签定量和DeNovo测序中获得高质量的结果。多种复杂的可视化和导出功能允许用户查看、共享或完善多种蛋白质组学分析的结果。

timsTOF Pro的独特能力提供了数千次注射的可持续性能，结合增强的LFQ性能，使该系统成为高通量临床研究的理想平台。

数据处理是蛋白质定量和PASEF的关键^®lfq方法已经被一些最强大的软件套件所支持。