基因组学研究
在3 d成像基因组Vutara VXL
的三维组织染色体在染色体功能和基因表达中发挥着关键作用。染色体区域的基础上表现出结构上的差异,内部和之间的染色体。理解这些结构上的差异可能将被证明是有用的在理解染色体功能在正常和病理状态。传统的方式去了解组织染色体,染色体构象捕获化验,ensemble-sequencing技术能力提供平均从数以百万计的细胞基因组的结构。虽然这提供了一个很好的概述平均DNA组织的细胞,它缺乏细胞环境由于数据收集的整体性质。可视化基因组组织和结构sub-chromosomal水平是必要的对于理解基因和环境之间的关系。
OligoSTORM和OligoDNA-PAINT
基于使用OligoSTORM (b . j .贝力弗et al ., 2015),吴Ting哈佛大学的实验室,与力量合作,开发了一种成像和可视化方法在特定的染色体区域的DNA序列在超分辨率级别使用Vutara VXL (bob电竞安全吗查看网络研讨会)。特别设计的寡核苷酸杂交到染色体序列。通过与二级寡核苷酸顺序标签样本,然后用定位成像显微镜,3 d图像的结构,可以生成标签区域。
虎鲸成像
除了超分辨率工作流基因成像,Vutara平台SRX软件完全有能力执行虎鲸(染色质结构的光学重建)实验通过分析收购。虎鲸,源自Alistair蒂格在斯坦福大学的实验室,是一个宽视野基因成像技术用于看着小基因组区域或单一基因探针步小尺寸(2 - 10 kb)。衍射极限时,这种方法提供了高分辨率序列,因为较小的调查步骤大小相比OligoSTORM和允许更高的吞吐量研究由于更快的宽视野图像相对于单分子定位数据采集(l . j .马特奥et al ., 2019)。
关键特性使Vutara VXL理想基因成像平台:
- 三维定位与专利双翼飞机技术——每个图像平面包含1μm厚片
- 延长轴向范围由Z系列-扫描整个原子核的成像深度高达30µm细胞
- 多处捕获多个细胞核
综合可视化和分析
SRX软件提供了一整套数据过滤和统计分析工具进行各种各样的分析。如DBScan聚类算法、光学和德劳内基因组数据的分析可用于识别集群。集群被确定后,进一步的指标,如粒子在一个集群中,体积,球形率、粒子密度和回转半径可以计算。
SRX软件也配备分析工作流的自动图像分割和重建的虎鲸数据集。这包括代的距离和接触频率映射类似于高c映射得到的合奏染色体构象捕获技术。
综合应用流体学
通过超分辨率成像基因组或宽视野需要标签大量探针,远远超过有幽灵似地截然不同的探针。因此,这些方法严重依赖顺序标记策略。完整的集成应用流体学与Vutara SRX可供顺序标记所有的需要。
SRX软件进行了优化以满足这个要求应用程序的要求。一个关键步骤是实现微流体控制以执行顺序标记步骤。SRX微流体控制模块允许用户创建射流序列包含任意数量的缓冲和试剂应用流体学一步,以及无限的每个实验步骤。本地化SRX分配一个用户定义的颜色在每个步骤中,在可视化和分析,整个数据集的合并。无限数量的步骤可以可视化和分析。
