SRX软件
用SRX软件进行定量分析
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分析
生物成像是一门定量学科
虽然图像本身可以在视觉上给人留下深刻印象，并提供定性、描述性的信息，但生物成像更关注定量测量。定量测量使科学家能够测试和检验假设，并进行数据驱动的实验。
定位显微镜在一段时间内生成一系列精确的分子定位数据。然后用这些数据创建图像。定位数据允许对样本中的分子位置进行直接定量分析，与基于图像的技术(如STED和SIM)相比，提供了一种完全不同的分析类型。
SRX软件中可用的测量类型
SRX软件提供了许多工具，允许用户根据获得的本地化数据的统计分析来执行测量。测量包括空间分布、聚类分析、共定位、分辨率分析、活细胞分析和生成用于建模的控制数据。
空间分布
检验定位数据空间分布的实验是一项基础分析，也可以成为其他分析层次的先导。空间分布测量提供了有关细胞不同区域内定位密度的宝贵信息。比较细胞区域之间的定位分布差异或不同处理或条件下同一细胞区域的差异可以为分子组成提供有用的见解，并为理解途径和分子功能提供有价值的推论。用于分析分布的工具包括Ripley’s K、对相关和最近邻。
聚类分析
分子常形成团簇，通过空间分布分析很容易识别。簇的潜在存在通常是在实验之前假设或假设的，基于其他光显微镜模式的发现，如共聚焦。
存在于簇中的分子的意义可能与它们的结构作用、功能作用或两者都有关。在与细胞条件变化有关的特定情况下，可以形成群集。集群还可能在不同的条件下改变组成。簇的形成和组成也可能与其他簇或分子有关(见共定位)。
聚类分析对样本中观察到的聚类进行更详细的分析。聚类分析对话框允许用户设置聚类分析的参数，如粒子类型、簇大小和粒子计数，并具有显示功能，以帮助可视化聚类形成，并具有各种度量参数，用于查看和输出到.csv或.mat文件。集群可视化也可以显示在主SRX可视化窗口中，并可用于过滤数据。
聚类分析测量包括粒子计数、聚类面积、聚类密度、聚类大小(体积)、质心位置和PCA分析。
Co-localization
共定位是聚类分析和空间分析的自然延伸，允许用户检查不同类型分子的聚类关系以及不形成聚类的分子之间的关系。
聚类分析对话框允许用户为不同类型的分子配置测量值。输出显示共定位测量的图形显示，表格数据，以及在SRX可视化窗口显示图像结果。共本地化数据可以以。csv和。dat格式输出。
共定位测量包括Mander重叠系数、强度相关商、对相关、最近邻、联合直方图和Storm-RLA聚类分析。
Live-Cell分析
活细胞实验通常需要量化粒子或簇(物体)随时间的位置变化。活细胞分析跟踪粒子的位移，并显示它们随时间的运动。
然后可以从这些数据生成距离、速度和角度分布直方图图，以辅助分析。图形显示和移动图可以输出为图像，表格数据可以输出为.csv和.mat文件。
