TopSpin Python接口

Python是科学界最流行的编程语言。Python包索引(PyPI)是第三方Python软件的官方存储库,包含超过290,000个具有广泛功能的包。

20年来,Jython解释器(基于Python 2.7)一直是TopSpin的一部分,是脚本和应用程序开发的标准组件。Jython脚本在运行TopSpin用户界面的同一个Java虚拟机中执行。这提供了许多可能性,但也有一些局限性。

为什么不将TopSpin作为核磁共振谱处理标准软件的功能与Python 3脚本结合起来,并利用所有可用软件包的强大功能呢?

TopSpin的新的Python应用程序编程接口允许用户从任何Python 3.9+环境中访问TopSpin,它是完善的TopSpin Jython解释器的替代品,但不能取代它。

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新功能

  • 高级数据分析
  • 数据挖掘
  • 出版物质量图像生成


提供以下功能

  • 参数的读取/写入
  • 读取数据向量,峰值列表,积分区域…
  • 辅助功能如核磁共振数据搜索,数据集显示在TopSpin…
  • 执行任何TopSpin命令

目前数据访问仅限于一维和二维光谱。您可以读取整个数据向量,也可以读取“ser”文件中的个别行或2D频谱中的列等选定部分。

在Python编程接口的开发过程中,特别强调了用户友好性。只要可能,就使用熟悉的语法。例如,处理参数或向TopSpin发送命令使用与在TopSpin命令行中输入相同的语法。用于数据访问的接口对于Python和Jython是相同的。这允许为不同的用例共享代码。

可用性


Topspin 4.1.3适用于Windows和Linux,包含Python 3.9环境,预安装了Bruker Python包。bob电竞安全吗文档和示例脚本也可用。

所需的许可证是学术界免费TopSpin处理许可证的一部分。

对于工业客户,可按需获得免费的评估许可证。

图1 TopSpin作为服务Python 3解释器是一个独立的应用程序。因此,在Python应用程序和TopSpin之间架桥的最简单方法是使用网络连接。bob电竞安全吗Bruker已经实现了连接到Topspin中的嵌入式web服务的Python 3包。这样,就可以从Python脚本中读取NMR数据,或者执行TopSpin命令。

这是一个Python示例脚本的输出,用于评估用傅立叶80光谱仪获得的滴定数据。Python脚本使用TopSpin API读取数据并计算滴定曲线和Kb估计值。整个脚本(处理光谱、计算结果和使用NumPy生成图像)大约有150行。