- bob电竞安全吗Bruker PaSER™2022软件现在具有针对dia-PASEF的TIMS DIA-NN处理功能®
- 创新的da- pasef和dia-PASEF库TIMScore，结合TIMS DIA-NN，从200 ng K562裂解液中识别出约9000个蛋白组，仅在35分钟的梯度
- TIMScore进一步提高了磷酸化肽检测~25%
南卡罗来纳州查尔斯顿——(商业连线)——在我们是国际,bob电竞安全吗力量公司(纳斯达克代码:BRKR)宣布其TIMS DIA-NN软件用于高通量、深度和无偏倚的4D蛋白质组学工作流程。它现在具有新颖的TIMScore算法，利用机器学习(ML)来预测胰蛋白酶和磷酸化肽的CCS值。使用TIMScore，即使传统搜索算法由于低信噪比或嵌合干扰的模糊性而无法分配肽谱匹配，也可以将测量的CCS值与搜索空间内的预测CCS值进行引用，以调用最可能的分配。这些特性现在可以在基于gpu的版本中使用不是2022在2021年收购的IP2软件资产的基础上发布软件。
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ccs支持的目标(蓝色)/诱饵(红色)搜索的3D框图。额外的第三维度减少了蛋白质识别的模糊性，并允许更精确和准确的验证肽谱匹配(图片来源:Business Wire)
Dennis Trede博士Bruker Daltonics的生物信息学项目经理解释说:“我们从几十bob电竞安全吗万胰蛋白酶和磷酸化肽的ML训练集开发了肽CCS的转换模型，包括双、三和四电荷态。该模型对胰蛋白酶肽的预测准确率为95%，对磷酸化胰蛋白酶肽的预测准确率为92%，而磷酸化胰蛋白酶肽是最常见的具有生物学意义的PTM。然后，我们使用一个已发表的数据集(Ogata et al.)，将识别的肽数从42,930增加到98,949，是最初发表的近3.5倍。TIMScore库为dia-PASEF工作流奠定了基础，使其能够更深入地研究蛋白质组，具有更多的序列和PTM覆盖范围，所有这些都具有规模、吞吐量和出色的敏感性。”
Markus Ralser教授来自德国柏林Charité的爱因斯坦生物化学教授、DIA-NN的共同发明人之一说:“我们与Bruker正在进行的合作，将DIA-NN定制为具有CCS焦点的dia-PASEF数据的精简处理工具，这是非常值得的。bob电竞安全吗它简化和加速了在很短的梯度中识别和量化成千上万的蛋白质。我们很高兴在与Bruker的密切合作下，被称为TIMS DIA-NN的供应商集成版本现在成为PaSER生物信息学bob电竞安全吗平台的一部分。”
朴忠贤博士Bruker的蛋白质组学生物信息学架构师补充说:“由于我们的DL训练模型也包含了磷bob电竞安全吗酸肽数据，TIMScore在我们的数据集中提高了磷酸化pms和肽的识别能力，平均提高了61%。更令人鼓舞的是，使用严格的5% FLR界限，磷酸肽的数量提高了57%。由于不稳定性、化学计量学或其优先解离性，PTMs的位置定位可能比较困难。随着更多训练数据可用，我们将在TIMScore算法中添加更多PTMs。”
PaSER 2022包括TIMScore算法和用于处理dia-PASEF工作流的TIMS DIA-NNtimsTOF Pro 2, timsTOF SCP,timsTOF fleX系统。PaSER利用了与实时质谱中的dia-PASEF工作流相同的数据流机制，允许在采集运行结束时触发谱库搜索，支持高通量4D蛋白质组学工作流的“运行和完成”。
引用:
德米特里夫，Nat方法。2020:https://dx.doi.org/10.1038%2Fs41592-019-0638-x
德米特里夫，bioRxiv 2021年:https://doi.org/10.1101/2021.03.08.434385
张春春，石滨勇(2010)。离子迁移光谱中磷酸化对肽离子碰撞截面的影响。质谱(东京);doi: 10.5702 / massspectrometry.A0093。
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